O clima de San Luis Rio Colorado é caracterizado por ser um clima desértico quente, típico da região norte do México. As temperaturas durante o verão podem facilmente ultrapassar os 40 graus Celsius, enquanto que, no inverno, as temperaturas são mais amenas, mas ainda assim bastante quentes, em torno dos 20 graus Celsius. As chuvas são escassas ao longo de todo o ano, concentrando-se principalmente no período de julho a setembro, durante o qual ocorrem chuvas torrenciais conhecidas como "aguaceros". Estes períodos de chuva são também caracterizados por tempestades elétricas, que proporcionam um espetáculo único na região. Além disso, o clima de San Luis Rio Colorado é também afetado pela presença de fortes ventos, que podem atingir velocidades acima dos 100 quilômetros por hora em certas épocas do ano. Estes ventos são conhecidos como "vientos de Santa Ana" e são responsáveis por causar uma série de problemas, tais como incêndios florestais e queda de energia elétrica. Em resumo, o clima de San Luis Rio Colorado é um clima extremo, que pode ser bastante desafiador para aqueles que não estão acostumados com as condições áridas e quentes do deserto. No entanto, é também um clima único, que proporciona um ambiente propício para atividades como a observação de estrelas e o turismo ecológico.